Program Pendidikan Profesi Dokter (PPD) FK UIN Walisongo Semarang merupakan tahapan lanjutan setelah pendidikan Sarjana Kedokteran. Pada fase ini, mahasiswa melaksanakan pembelajaran klinik melalui praktik langsung di rumah sakit, puskesmas, dan fasilitas layanan kesehatan lainnya.
Melalui bimbingan dokter pendidik, mahasiswa dilatih untuk menangani pasien secara komprehensif, mengambil keputusan klinis, berkomunikasi profesional, serta menjalankan etika kedokteran. Program ini bertujuan membentuk dokter yang kompeten dan berkarakter, dengan fokus pada promotif dan preventif dalam menghadapi penyakit degeneratif, khususnya diabetes mellitus.